Hast du dir mal ne Schalltüte gebastelt? Einfach ein Blatt Papier zu einem Trichter rollen, große Öffnung ans Ohr, kleine Öffnung gezielt über die lärmenden Stellen. Das macht es weit einfacher einen Geräuschpunkt zu finden. Meist kann man dann die Hardware sogar verbaut lassen.
Edit: Hab mir grad mal in Ruhe deine Probleme durchgelesen und würde fast vermuten, dass das von der CPU selber kommt. Ich meine mich zu erinnern, dass mein QX9650 damals auf dem Zotac -ab und zu- auch so Geräusche von sich gegeben hat wenn ich ihn gePrimed hab.