Auf den ersten Blick kann man auch beim schwarz lackierten Innenraum keinen Unterschied zum Innenraum der ersten Revision des Arc Mini erkennen. Die Raumaufteilung ist genau gleich geblieben wie die Montage von Laufwerken (mit herkömmlichen Schrauben, 3,5-Zoll-Festplatten werden dabei entkoppelt) und Erweiterungskarten (mit Rändelschrauben). Es gibt aber doch eine entscheidende Veränderung, die den Laufwerksschacht betrifft.
Schon beim Ur-Arc Mini war es möglich, den oberen Festplattenkäfig nach dem Lösen von zwei Rändelschrauben um 90 Grad zu drehen oder aber auch ganz zu entfernen und so mehr Platz für lange Erweiterungskarten zu schaffen. Außerdem wird mit dem Entfernen des Käfigs der Luftstrom des vormontierten Frontlüfters nicht mehr behindert.
Beim Arc Mini R2 geht Fractal Design noch einen Schritt weiter. Der untere Festplattenkäfig und der 5,25-Zoll-Käfig können ebenfalls ausgebaut werden. Sie sind nicht genietet, sondern werden von einer ganzen Reihe herkömmlicher Schrauben an ihrem Platz gehalten. Beide Festplattenkäfige müssen demontiert werden, wenn hinter der Front ein 240er-Radiator verbaut wird. Wenn der Frontradiator länger als 272 mm ist oder ein 360er-Radiator (oder lang geratener 240er-Radiator) im Deckel montiert werden soll, muss auch noch der Käfig für die optischen Laufwerke entnommen werden.
Auch wenn alle Laufwerkskäfige entfernt werden, können noch Laufwerke im Gehäuse untergebracht werden. Am Mainboardtray ist Platz für zwei 2,5-Zoll-Laufwerke (idealerweise SSDs). Für Wasserkühlungsenthusiasten bietet es sich an, die Laufwerkskäfige zu entfernen, einen 360er-Radiator im Deckel und einen 240er-Radiator hinter der Front zu montieren und eine SSD als Massenspeicher zu nutzen. Der Tray bietet aber nicht nur SSD-Montageplätze, sondern auch eine Aussparung für die Montage von Prozessorkühlern mit Backplate und zweckmäßig angeordnete Durchführungen für das Kabelmanagement.