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Im Inneren des TS-559 Pro sitzt dieDoppelkern-CPU D510 (1,66 GHz, 1 MB Cache) aus Intels Atom-Familie, der für die nötige Rechenpower sorgen soll. Als Arbeitsspeicher stehen insgesamt 1 GB DDR2 zur Verfügung. Diese Kombination lässt bereits erhoffen, dass der Netzwerk-Durchsatz recht hoch liegen sollte, schließlich steht genügend rohe Rechenleistung bereit. Gerade kleinere NAS-Systeme offenbarten bei der Gesamt-Performance und gerade beim effektiven Durchsatz ihre Schwächen, da die dort verbauten Recheneinheiten und Speicherbausteine zu gering dimensioniert waren.
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Schraubt man das Gehäuse auf, lässt sich auch ohne eine vollständige Demontage einiges in Erfahrung bringen: Unmittelbar hinter der Stromversorgung befindet sich das DDR2-Modul mit Hynix-Speicherbausteinen (H5PS1G83EFR). Die eigentliche CPU mitsamt Kühlkörper ist hier nicht sichtbar, da er hinter dem Speichermodul unter dem Metallrahmen angesiedelt ist.
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Im Vergleich zu den restlichen Brüdern und Schwestern aus der professionellen (Pro) Schiene liegt das TS-559 im mittleren Bereich: etwas kleiner sind das TS-259 und -459 mit zwei bzw. vier HDD-Slots und natürlich die größeren Varianten mit sechs bzw. acht HDD-Slots (TS-659, -859). Unterschiedlich sind bei diesen Modellen im Wesentlichen die Hardware-spezifischen Merkmale, da die eigentliche Software bzw. Oberfläche fast ausnahmslos identisch ist.
Das eigentliche Betriebssystem ist Linux-basiert und kommt auf einem extra dafür vorgesehenen Speicherbereich (512 MB Flash) daher. Neu ist an dieser Stelle die „Fail-safe“-Architektur: Qnap liefert das OS in zwei separierten Bereichen aus, die unabhängig voneinander startfähig sind. Sollte ein Bereich korrupt bzw. fehlerhaft sein, startet einfach das Backup-System und sorgt für eine automatische Wiederherstellung des fehlerhaften Bereichs. Hierbei handelt es sich allerdings nur um die Kernebene des Betriebssystems und der Anwender hat keine Möglichkeit in den Prozess einzugreifen. Es ist demnach nicht möglich, beispielsweise zwei unterschiedliche Konfigurationen auf Wunsch zu booten etc.
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Zur Anbindung an die örtliche Netzwerk-Infrastruktur stehen zwei Gigabit-Ports bereit. Diese können je nach Bedarf (und Support durch den angeschlossenen Switch, sofern er über 802.3ad verfügt) zu einem Link gebündelt werden (Link Aggregation, 802.3ad/802.ax) oder aber ein Port kann in einer „Fail-over“-Konfiguration im Notfall einspringen, sollte der Haupt-Port getrennt werden. Als dritte Möglichkeit können die Ports auch getrennt in unterschiedliche Subnetze eingeklinkt werden.