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Qnap bietet in all seinen NAS-Boxen ein solide ausgearbeitetes Ordner- und Nutzer-Management. Es können per Menü insgesamt bis zu 4096 Nutzer-Accounts, 512 Nutzer-Gruppen und 512 Netzwerk-Ordner angelegt werden. Vorhandene Nutzerlisten lassen sich auch direkt importieren. Innerhalb größerer Netzwerk-Systeme kann das TS-559 auch auf ein vorhandenes Active Directory (AD) zurückgreifen. Die Vergabe von Speicherplatzkontingenten wird ebenfalls unterstützt.
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Netzwerk-Ordner müssen bei der Erstellung jeweils einem Volume zugeordnet werden und können mit Zugriffsrechten versehen werden. Optional können einzelne Ordner versteckt bzw. auch allgemein für den Schreib- und Lesezugriff durch jedweden Nutzer freigegeben werden. Jeder Ordner kann ansonsten mit Nutzern bzw. Gruppen versehen werden, die unterschiedliche Rechte besitzen können. Zusätzlich gibt es noch NFS- und WebDAV-Rechte, die zuweisbar sind.
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Wer viele oder gerade wichtige Daten auf einem NAS hält, der denkt natürlich auch über passende Backup-Mechanismen nach. In einfachster Form bietet Qnap dabei das Zeitplan-gesteuerte Backup auf einen angeschlossenen, externen Datenträger an. Analog zur One-Touch-Copy-Funktion werden die Daten hier einfach nur kopiert. Zusätzlich gibt es eine „Remote Replication“, die ebenfalls anhand eines Zeitplans arbeiten kann. Hier werden dann einzelne Netzwerkordner auf ein anderes NAS als Sicherungskopie überspielt. Neu ist auch die Möglichkeit, die Daten direkt vom NAS in Amazons S3 Cloud zu laden, entsprechende Login-Daten vorausgesetzt.
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Um in anderer Richtung das TS-559 als Backup-Ziel zu benutzen, bietet Qnap dem Käufer nicht nur die Unterstützung der TimeMachine für Mac-Nutzer, sondern auch Support für einen rSync-Server und natürlich die eigens mitgelieferte Backup-Software auf CD. Andere Hersteller wie beispielsweise Acronis, EMC und Symantec werden ebenfalls bei der unterstützten Backup-Software gelistet.