Wenn der Host immer zum Reboot auffordert, stimmt idR. was mit den IOMMU-Zuordnungen nicht bzw. der Slot lässt sich nicht durchreichen. Das passiert insbesondere, wenn der Slot nicht unmittelbar an die CPU, sondern z.B. am Chipsatz hängt. Ebenfalls gerne Probleme machen slots, die sich Lanes u.U. mit anderen Slots teilen, Klassiker bei Consumer-Brettern: Slot 1 16 Lanes, aber wenn slot 2 bestückt ist nur noch 8 Lanes auf Slot 1, und die anderen 8 dann auf Slot 2.
Keine Ahnung wie iGPUs angebunden werden, gibt noch ein paar BIOS-Settings, mit denen man sein Glück versuchen kann - aber keine Ahnung im Detail wie das mit iGPUs aussieht.