Die Leistungsentfaltung der ersten Generation der R1 bot einen Nachteil: Ab 3.000 min-1 stieg das Drehmoment rasant an. Dies führte bei ungeübten Fahrern zu schweren Stürzen, da sie, die Motorcharakteristik unterschätzend, zu stark aus der Kurve herausbeschleunigten, so dass das Hinterrad wegrutschte und anschließend wieder Grip bekam. Daraus resultiert der sogenannte Highsider, welcher oft schwere Verletzungen zur Folge hat. Dieses Problem versuchte man ab dem Modelljahr 2002 mit einer homogeneren Leistungscharakteristik zu lösen. Dadurch war die Yamaha R1 zwar nicht mehr so durchzugstark wie die Baujahre 1998 bis 2001, aber die Zahl der Highsider-Unfälle sank. Dies erkaufte man allerdings bei den R1 Modellen von 2002 bis 2004 dadurch, dass der Motor unter 8000 min-1 sehr "zart" Gas annimmt um dann über 8000 min-1 plötzlich sehr stark anzuziehen. Daher ist bei diesen Modellen der richtige Gang in einer Kurve sehr wichtig.
