Wenn die Platte hopps geht, sind die Daten auf allen Partitionen weg, das ist ja wohl logisch. Nur wenn das Filesystem einer Partition hopps geht, dann hilft so ein "Backup" auf der gleichen Platte, aber NTFS ist sehr robust, da passiert nur extrem selten. Daher ist der Schutz bei so einer Lösung fast gleich Null. Besser ist ein Backup auf einer anderen Platte, aber wenn diese intern eingebaut ist, kann z.B. ein Blitzschlag über das Netzteil beide Platte immer noch killen, oder ein Unfall mit dem Gehäuse, ein Verschlüsselungsvirus, etc.
Mehr Schutz bieten Backups auf USB Platten die nur für eine Aktualisierung angeschlossen werden oder einem NAS,welches einen Rechner mit einem eigenen Betriebssystem darstellt, man kann also z.B. die Daten nicht so leicht durch Fehler beim Partitioniren oder Windows Installationen so leicht verlieren. Will man sich gegen Feuer oder Diebstahl schützen, ist eine dezentrale Lagerung, ggf. in einem Banktresor, eine weitere Stufe um die Sicherheit zu erhöhen.
Wie man sieht gibt es keine absolute Sicherheit, aber zwei Partitionen auf einer Platte sind so ungefähr das geringste Sicherheitsniveau was man haben kann, eine externe USB Platte für die Sicherungen ist dagegen für die meisten Heimanwender schon ein brauchbares Niveau bei einem vertretbaren Aufwand und ganz wichtige, unersätzliche Daten brennt man dann vielleicht noch auf CD/DVD oder packt sie in die Cloud.
Wenn Du bald 10TB haben willst, würde ich ehrlich gesagt an ein NAS oder einen Homeserver denken.