Habe das jetzt eben getestet und folgendes festgestellt:
1) Die Option zum Deaktivieren der PCIe Slots im Bios habe ich leider nicht gefunden, man kann lediglich für jeden Slot "Auto" und "Gen1" bis "Gen3" einstellen, was dann PCI-E 1.1 bis 3.0 entspricht.
2) Steckt man die GPU um stellt man fest, dass PCI_E1 mit x16, PCI_E2 mit 4x, PCI_E3 mit 8x und PCI_E4 mit 4x angebunden sind. Habe die GPU daher solange ich noch CPUs wechsle in PCI_E3 stecken und werde dann wohl wieder auf PCI_E1 umbauen wenn ich mit entschieden habe bei welcher CPU ich bleibe (auch wenn es wohl nur 1-2% Unterschied in der 3D-Performance sind)
3) Es gibt PCI-E Switches auf dem Board, die aber soweit ich das verstanden habe einfach nur den ganzen Anschluss lahm legen und auf die Lanes keine Auswirkungen haben.